Záhorskú nížinu, veľkú časť Myjavskej pahorkatiny a západné svahy Malých Karpát odvodňuje rieka Morava, ktorá sa pri Devíne vlieva do Dunaja. Záhorská nížina predstavuje z hydrogeografického hľadiska osobitý celok. Hustota riečnej siete je tu malá a na terasách, náplavových kužeľoch a viatych pieskoch niekedy dokonca nulová. Riečna sieť sa koncentruje v západnej časti na nive Moravy, v severnej časti na nive Myjavy a na východe v tektonickej nížine pod Malými Karpatmi. Keďže Záhorská nížina nepatrí k výškovo členitým územiam, jej toky charakterizuje malý sklon korýt. Pôvodnú riečnu sieť výrazne zmenili zásahy človeka. Územie je pomerne suchou oblasťou, čo je dôsledok klimatických podmienok. Najvodnatejšie toky sú Morava, Myjava a Rudava. Maximálne prietoky dosahujú rieky najčastejšie v zimných a jarných mesiacoch v súvislosti s topením snehu a v letných mesiacoch, ak výdatne prší. Minimálne prietoky sú obvyklé v júli až septembri, prípadne v októbri.

V štvrtohorných uloženinách, najmä v riečnych a viatych pieskoch , sú významné zásoby podzemných vôd. Najväčší význam pre podzemnú vodu majú sedimenty nivy rieky Morava.

Záhorie je bohaté na vodné nádrže( Kunov pri Senici, Vývrat pri Kuchyni, Stará Myjava) , štrkoviská (Plavecký Štvrtok, Láb, Malé Leváre, Sekule, Šaštín-Stráže)a rybníky(okolie Malaciek, Jakubovské Rybníky, rybník v Stupave).