Základný klimatický typ na Záhorí je nížinná klíma – v západnej časti teplá, vo východnej prevažne teplá. Záhorská nížina sa klimaticky rozdeľuje na dve základné oblasti. Prvou je Bor s nivou a terasami Moravy a Myjavy, pre ktoré sú charakteristické západné a severozápadné vetry ovplyvňujúce počasie najmä v zime. Druhou oblasťou je pás vo východnej časti Záhorskej nížiny tiahnúci sa pozdĺž Malých Karpát , v ktorom prevláda juhovýchodné prúdenie vzduchu.

Teploty v lete sú vo východnej časti územia nižšie ako v západnej časti, je tu vyšší úhrn zrážok a vyšší počet dní so snehovou pokrývkou a snežením.

Záhorská nížina patrí do teplej a mierne suchej oblasti, severná a východná časť smerom k pohoriam do mierne vlhkej oblasti s miernou zimou. Podnebie je kontinentálne s menšími ročnými teplotnými výkyvmi ako na susednej Podunajskej nížine. Priemerné ročné teploty vzduchu dosahujú hodnotu 9,5 st. C , priemerné júlové teploty 20 st. C a priemerné januárové teploty – 1,9 st. C .Počet dní so snehovou pokrývkou sa pohybuje v rozmedzí 30 a 40. Prevažná časť územia Malých Karpát, Myjavskej pahorkatiny a Bielych Karpát patrí do mierne teplej klimatickej oblasti. Podnebie je z hľadiska zrážok mierne vlhké až vlhké s miernou zimou. So stúpajúcou nadmorskou výškou zrážok pribúda, pričom na ich rozdelenie výrazne vplýva členitosť a orientácia reliéfu.

Svahy vystavené dažďonosným severozápadným vetrom majú viac zrážok ako juhovýchodné svahy. Priemerný ročný úhrn zrážok sa pohybuje okolo 600 až 650 mm, počet dní so snehovou pokrývkou, ktorá dosahuje hrúbku 20 až 50 cm, v rozmedzí 40 a 60. Priemerné teploty sú o 1 až 2 st. C nižšie ako na Záhorskej nížine.