Malé a Biele Karpaty medzi oblasti, ktoré sa vyznačujú pestrosťou živočíšnych druhov. Podmieňuje ju najmä postavenie pohorí, ktoré tvoria južný výbežok Karpatského oblúka. Ich geologická stavba, charakter klímy, povrchová pestrosť a vegetačný kryt podmienili vznik zaujímavej skladby živočíšnych spoločenstiev. Na skalách a zrúcaninách hradov hniezdi dravé vtáctvo. Známy je myšiak hôrny, jastrab veľký a sokol rároh, ktorý je pre Malé Karpaty charakteristický. Na svahoch žije aj pozoruhodné množstvo rôznych druhov mäkkýšov, z hmyzu sú najvýznamnejšie chrobáky ako fúzače, roháče a bystrušky. Na lúkach a pasienkoch žije niekoľko druhov kobyliek, koníkov a mravcov. Pre jaskyne je typická špecifická jaskynná fauna, z ktorej sú najznámejšie netopiere. V horách sú hojne zastúpené plazy, najmä jašterice a užovky.

Záhorská nížina, ktorú tvoria rozsiahle polia, rovinné lesy, vlhké lúky a močiare, je domovom väčších a menších cicavcov. Hojne sa tu vyskytuje zajac poľný, potkan obyčajný a myš domová.

Na pieskovcový substrát a borovicové lesy, ktoré, ktoré sú pre Záhorie typické, sa tiež viažu niektoré charakteristické druhy živočíchov – vo veľkom množstve sa tu vyskytuje niekoľko druhov mravcolevov. Zo živočíšnych druhov typických pre stepnú oblasť a oblasť listnatých lesov tu žije hvizdák veľký, tchor stepný, beluša malá a chocholačka vrkočatá. Vo vlhkejších oblastiach žije diviačia zver a na prechode pohorí do nížin danielia, jelenia a srnčia zver, ktorá sem prichádza z Malých Karpát. Zo šeliem sa na Záhorí vyskytuje líška a kuna obyčajná, z vodného vtáctva tu hniezdi sliepočka zelenonohá a kačica divá, v lete sem zalietajú aj volavky. Obojživelníky – mloky a žaby – nachádzajú vhodné prostredie v močariskách. Z bohatstva fauny riek a potokov treba spomenúť viaceré druhy vodného hmyzu a rýb(psturh, kapor, belica, zubáč, ostriež). Z chránených živočíchov na Záhorí žije sýkorka chocholatá, korytnačka močiarna, blatniak tmavý, ležiak obyčajný a svrčiak slávikovitý.

Nielen z hľadiska flóry, ale aj fauny má osobitné postavenie štátna prírodná rezervácia Devínska Kobyla. Je známa výskytom teplomilných druhov živočíchov. Z mäkkýšov je to zebrovka stepná, z pavúkov najväčší druh na Slovensku – strehúň škvrnitý. Bohato sú zastúpené motýle a chrobáky. Významnými teplomilnými živočíchmi sú aj ulitníky.