Veľkú časť povrchu Záhorskej nížiny pokrývajú viate piesky, na ktorých sa vysytujú v strednej Európe zriedkavé rastlinné spoločenstvá. Vďaka nim sa Záhorská nížina zaraďuje z botanického hľadiska k unikátnym územiam. Hospodárska činnosť človeka mala za následok obnovenie pohybu piesku. Preto sa v 16.a 17. storočí na Záhorskej nížine uskutočnilo zalesňovanie uvoľnených pieskov. K pôvodným porastom sa najväčšmi približujú ostrovy miešaných borovicovo-dubových lesov s podrastom tráv a bylín. Prirodzený charakter lesov na viatych pieskoch však potlačilo dlhoročné vysádzanie borovice. Podrast borovicových lesov tvoria suchomilné machy a trávy, v ktorých sa darí hubám. Pôvodne bola Záhorská nížina silne zamokreným územím s močariskami, jazerami a mŕtvymi ramenami riek. Mnohé z nich sa zachovali dodnes a možno v nich nájsť zaujímavé druhy vodných rastlín. Na nivách riek Morava a Myjava rastú najmä v pravidelne zaplavovanom území mäkké lužné lesy, v ktorých sa vyskytujú vŕby a topole, často aj bresty. Na vyššie položených častiach nivy sa rozšíril tvrdý lužný les. Rastú v ňom najmä jasene, bresty a duby. Osobitným typom lužného lesa sú porasty jelše lepkavej na trvale zamokrených slatinných pôdach, napríklad v prírodnej rezervácii Bezdné pri Plaveckom Štvrtku. Tu sa na ploche 3,5 ha nachádza vyvieračka, jazierko a rašelinisko s fytocenózami jelšového lesa, močiarnymi a vodnými spoločenstvami. Rozsiahle terasy riek Morava a Myjava pokrývajú dubovo-hrabové lesy. Časť Záhorskej nížiny vyhlásili 1.januára 1989 za chránenú krajinnú oblasť Záhorie. Má rozlohu 27 522 ha a tvoria ju dve odlišné územia. Východnú časť reprezentuje krajinu tvorenú pieskovými dunami a vlhkými medzidunovými zníženinami, západná časť predstavuje záplavové územie rieky Morava. Na území CHKO Záhorie sa vyskytujú pieskové presypy a borovicové lesy, mŕtve riečne ramená, vodné plochy a močariská, ktoré poskytujú priaznivé prostredie vzácnym a chráneným druhom flóry a fauny. Nivou rieky Morava vedie náučný chodník so štyrmi vstupnými miestami a šestnástimi zastávkami s informačnými panelmi.

Chvojnickú pahorkatinu na severe charakterizujú dubovo-hrabové spoločenstvá, na nivách vodných tokov jaseňovo-jelšové lužné lesy. Vegetačný kryt územia sa však v dôsledku odlesňovania výrazne zmenil. Karpatskú oblasť reprezentujú rastlinné spoločenstvá Malých Karpát, Myjavskej pahorkatiny a Bielych Karpát. Na severozápadných svahoch Malých Karpát sa takmer od úpätia až po hrebeň ťahajú bučiny. V podhorí a na svahoch Bielych Karpát prevažujú dubové lesy. So stúpajúcou nadmorskou výškou sa miešajú s bukmi , jedľou bielou a javormi. Z bylín sa tu vyskytujú paprade, mesačnica trvácna a, deväťsil biely a iné.

Z hľadiska flóry je unikátna štátna prírodná prezervácia Devínska Kobyla.